Когда вы пишете или подправляете шаблон, вам не нужно добавлять тэг <link> в хедер вашей страницы. Для добавления вашего собственного CSS к странице, вы должны заглянуть в файл style.ini в директории шаблона.
Обычно, вам следует добавить строку подобную myVeryOwn.css = screen в раздел [stylesheet] файла style.ini.
Да, можете. Однако, в зависимости от того, где и как вы вставите эту строку вы можете столкнуться с проблемами. Когда вы добавляете CSS в ini файл, Докувики (DokuWiki) принимает это к сведению и подставляет для вас пути в вашем CSS, таким образом, вам самим не нужно следить за этим. Например, если вы хотите добавить logo.gif, расположенный в директории шаблона, просто напишите url(logo.gif) и не заморачивайтесь с путями к нему.
Другое преимущество этого подхода состоит в том, что CSS сжимается для того, чтобы ускорить загрузку страницы, а кроме того, вы можете воспользоваться преимуществом подстановок.
<?php tpl_metaheaders(); ?> в раздел <head> вашей страницы.